Bioinformatics, 이제 세계 최고의 연구기관과 어깨를 견주셔도 됩니다!

Whitehead Institute MIT, Stanford University, Wellcome Trust Sanger Institute,
European Bioinformatics Institute(EMBL), Roche, Incyte, Japan Patent Office, Affymetrix, 3M 등을 비롯한 많은 연구기관들은 이미 DeCypher를 사용하고 있습니다.

저희 베네비오는 BT와 IT 기술을 바탕으로, TimeLogic사의 한국 공식 대리점으로 한국 생물정보학 분야의 발전을 도와드리고자 합니다.

Genbank를 비롯한 다른 유전자 데이터베이스의 양이 기하급수적으로 늘어감에 따라, 생물학자나 생물정보학자들의 관심은 분석에 걸리는 막대한 시간을 절약하기 위해 보유하고 있는 workstation의 CPU 속도에 초점을 맞추게 되었으며, 이를 기준으로 보다 빠른 컴퓨터를 찾게 하고 있습니다. 대표적인 데이터베이스인 Genbank는 6개월마다 그 정보량이 2배로 늘어나고 있습니다.

하지만, 일반적인 CPU기기의 속도는 이러한 증가속도를 쫓아가기엔 그 개발속도가 너무 느려 결국엔 막대한 비용이 소요되는 슈퍼컴퓨터를 이용할 수 밖에 없습니다. 하지만, 대부분의 나라에서 bioinformatics분석을 수행하는 데는 결국 한정된 예산 안에서 최대한의 효율을 가진 컴퓨터를 찾는 것이 현실적으로 가장 중요하다고 할 수 있습니다.

TimeLogic사는 bioinformatics연구에서 커다란 장애물이 되고 있는 분석속도 문제를 해결해 드릴 수 있는 획기적인 툴을 제공해 드립니다.

TimeLogic사가 개발한 DeCypher는 FPGA(Field Programmable Gate Array) reconfigurable 하드웨어 기술을 사용하여, 다양한 알고리즘을 최고의 스피드로 이용할 수 있게 해 드림으로써, 다른 어떤 가속용 툴(accelerator)보다도 뛰어난 성능을 유지시켜 드릴 수 있습니다. 또한 한번 설치한 하드웨어의 교체 없이도, 새로운 알고리즘이 나타날 때 마다 이를 적용할 수 있는 유연성을 지니고 있습니다.



이러한 유연성은 DeCypher가 다양성과 민감성 그리고 놀라운 속도를 제공하는 가장 완벽한 bioinformatics algorithm processor의 역할을 가능하게 하는 것입니다.

- Hardware Accelerated Tera-BLAST™ includes ultra-fast BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN,TBLASTX, and unique search parameters that extend speed and sensitivity vs. other BLAST implementations.

- Gene-BLAST™, intron spanning gapped Tera-BLAST for ultra-fast database searches, combined with dual-affine Smith-Waterman alignments. Includes reporting of sub-optimal alignments missed by Smith-Waterman.

- Hidden Markov Models, based on HMMer (Eddy). Includes J-State and Null2 processing. Of note: DeCypher is used at the Sanger Center for PFAM curation, and at the EBI for Interpro curation!

- HMM-Framesearch™ (Birney: EstWise, EstSlim)

- Affine Smith-Waterman (in nucleic, protein, and translated versions), Dual-Affine Smith-Waterman™, Semi-Global Smith-Waterman™ - uniquely designed for clustering and assembly applications

- Framesearch, Reverse-Framesearch

- ProfileSearch, ProfileScan & Profile Framesearch

- Symmetric Frame Independent™ - a unique, symmetric form of Framesearch that spans insertion and deletion errors in both query and database texts simultaneously

- Tera-Clustering™ Accelerated Clustering & Assembly

- Phrap, using performance improved SPS-PHRAP

- ClustalW, with graphical rendition of dendrogram via Java applet

- CPU-based NCBI BLAST, includes entire heuristic search suite: blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx

- NCBI PSI-BLAST